Nicht in jedem Fall ist eine digitale Rechnung ausreichend, um den steuerlichen Anforderungen gerecht zu werden. Zwar werden Rechnungen in letzter Zeit immer öfter per email elektronisch versandt, dennoch ist die digitale Rechnung nach deutscher Rechtsprechung der papierbasierten nicht ebenbürtig. Die EU Richtlinie 2006/112/EC sieht die Gleichstellung beider Rechnungsformen vor, aber die Umsetzung in deutsches Recht kann noch bis Ende 2012 auf sich warten lassen. Durch die hohe Manipulationsgefahr gelten für elektronische Rechnungen strengere Regeln als für Rechnungen per Post. Eingehende Rechnungen müssen mit einer qualifizierten, digitalen Signatur versehen sein. Der Rechnungsempfänger muss gegenüber den zuständigen Behörden die Echtheit und Unversehrtheit belegen können. Zudem bedarf es einer geeigneten Protokollierung von Rechnungseingang, Archivierung und eventuellen Konvertierungen. Ein einfacher Ausdruck einer elektronisch erhaltenen Rechnung ohne Signatur stellt nie ein Originaldokument dar. Finanzbehörden fordern weiterhin einen zertifizierten Empfang und die Aufbewahrung digitaler Rechnungen in ihrer ursprünglichen Form. Die benötigten Systeme zum Versand und Empfang von zertifizierten elektronischen Rechnungen sind aber gerade im Bereich der mittelständischen Unternehmen noch unzureichend verbreitet, so dass es nicht möglich ist, eine ordnungsgemäße Dokumentation gegenüber dem Finanzamt gewährleisten zu können.